In 1529  decimeert een pestepidemie de bevolking. Het bevel wordt gegeven om de slachtoffers van de epidemie in hun eigen huis te begraven en de klokken niet te luiden voor begrafenissen. Een nieuwe epidemie wordt gesignaleerd in 1540 maar is vlug bedwongen. In 1586 onderschept men een schip dat uit Marseille komt, waar de pest heerst. De stad wordt ook getroffen. De consuls huren een barbier in, en laten hutten bouwen buiten de muren waar de pestlijders verzorgd worden. In de volgende eeuw wordt er een gezondheidscomité geïnstalleerd dat een quarantaine opgelegd aan reizigers en vreemdelingen die uit verdachte landen komen.
     In 1629 worden de poorten van de stad uitgerust met slagbomen en er worden wachtposten uitgezet op alle toegangswegen. Iedere reiziger moet een gezondheidsattest voorleggen. Ondanks alle voorzorgen bereikt de besmetting die de omgeving teistert toch de stad. Het merendeel van de inwoners vlucht voor de verschrikkelijke ziekte en gaat aan de rand van de zee kamperen. Wanneer de epidemie in 1630 voorbij is, wordt het bevel gegeven om alle huizen te ontsmetten.
     In die tijd bevinden er zich twee kerkhoven binnen de muren, dat van de Porte Saint Antoine en dat van de Cordeliers (onder de kapel van de Grijze Boetelingen). Een nieuw kerkhof wordt in 1606 gesticht op de plaats van « vrije tuinen » (tussen de Grijze  en de Porte de la Reine). Het wordt in 1807 gesloten. In die tijd waren herbergen de enige toegelaten constructies buiten de muren, bij koninklijke toelating. Deze centra logeerden de vreemdelingen die zich na het sluitingsuur van de poorten aandienden en moesten afgebroken worden tijdens oorlogen om te voorkomen dat de vijand er zich kon verschansen.
HET HOSPITAAL
     In het kamp van de kruisvaarders had Saint Louis eertijds een armenhuis gesticht. Honderd jaar later bleef hiervan geen spoor meer over. De inwoners vroegen en bekwamen de oprichting van een hospitaal. Dat was onder de regering van Philippe van Valois. Het moest eerst en vooral de armen van de stad opvangen. Later liet men er ook behoeftige vreemdelingen en soldaten uit het garnizoen toe.
    Dit hospitaal, een monument zonder stijl, een vormeloos blok dat uit de veertiende eeuw dateert, bestaat vandaag nog. Het werd lange tijd geleid door twee rectoren waarvan het mandaat jaarlijks vernieuwd werd. In 1838 verkreeg priester Blanchard de toelating van de administratieve commissie van het hospitaal om drie zusters van Nevers te vragen. Deze zusters moesten zich wijden aan de armen en de opvoeding van meisjes. Toen de eerste stappen op niets uitdraaiden, wendde men zich tot de Congregatie van Sint Thomas in Villeneuve. De zusters namen hun dienst op in 1842. Ze hebben die moeten opgeven op 21 mei 1901, na lange jaren van goede en loyale diensten, en zeer tot spijt van de gehospitaliseerden en de dankbare bevolking.
 DE  KERKHOVEN
     In de Middeleeuwen werden vele gelovigen begraven rondom de kerken. Nochtans bestonden er wel kerkhoven.
    Het kerkhof van het eiland Marguerite « het kruisvaarderskamp » bestond ten tijde van de bouw van het hospitaal, niet ver van het strand van Boucanet. Vandaag is alles verdwenen. De terreinen, die lang ongebruikt bleven, worden tegenwoordig voor landbouw en urbanisatie gebruikt.
    Slechts een enkele tombe, de tombe van de varkentjes (tombe des porcelets), een kostbaar overblijfsel dat jaar na jaar meer verzandt, duidt de plaats aan van dit kerkhof van het kruisvaarderskamp.
    Het kerkhof van de Cordeliers bevindt zich in de buurt van het klooster. Het draagt de naam van de paters die het beheerden. De kerk van de Grijze Boetelingen is gebouwd op de rustplaats van de doden.
    Het kerkhof Saint Antoine bevond zich in de wijk met die naam, vlak bij de stad.
    In 1606  besliste de gemeenteraad over de « vrije tuinen » (vacants jardins), men maakte er een kerkhof van. Het bevond zich ten zuiden van de kerk van de Grijze Boetelingen, dicht bij de Porte de la Reine. Het werd ommuurd in 1607. Men heeft er begraven tot 1807. Omdat het kerkhof binnen de muren lag, heeft men er tijdens de overstromingen van 1840 nog verschillende personen begraven, hoewel het al lang gesloten was.
    Het huidige kerkhof ligt buiten de stad dicht bij het kanaal van Beaucaire. Het dateert van het begin van de negentiende eeuw. Het terrein behoorde aan de heer Manquet, en werd door de stad aangekocht. Het werd de voorbije jaren vergroot.