De bouw van de vestingmuur, gepland vanaf 1266, wordt niet aangevat voor 1272 en is slechts half gebouwd in 1285. In een rapport van de Sénéchal van Beaucaire (1289)  in opdracht van de koning, stelt men vast dat de werken bijzonder traag verlopen, waarschijnlijk om financiële redenen. 

Al deze bouwwerken wegen zwaar op de koninklijke schatkist. De haven van Aigues-Mortes is een groot exportcentrum geworden van de gekleurde stoffen uit Montpellier. Anderzijds ontvangt ze kruiden, zijde en luxe-artikelen vanuit de Orient. Ze is één van de belangrijkste commerciële handelsposten van de Genuese republiek en haar rijkdom moet bijdragen tot de fondsen die nodig zijn voor de voltooiing van de vestingwerken. Deze financiële bijdrage bestaat uit een taks, de "denier" (taks van een daalder op elk pond vracht die behandeld wordt door de haven van Aigues-Mortes). De werken aan de vestingmuur worden voltooid in het laatste decennium van de dertiende eeuw of begin veertiende eeuw. Als element in de kustverdediging van het koninkrijk wordt hij regelmatig onderhouden.

De stad wordt opgebouwd tussen 1246 en 1272, dat wil zeggen 26 jaar voor de vestingsmuur. Er is dus een verband tussen de reeds bestaande stad en de structuur van de ommuring. De ligging van de poorten wordt bepaald door een vaststaand tracé van wegen. Vandaar dat de onderlinge afstand tussen de poorten onregelmatig is. De toegangswegen zijn dus het resultaat van de stadsontwikkeling die de koninklijke ingenieurs en bouwmeesters dwingt tot onregelmatigheden in hun plannen. De inrichting van de vijver van Psalmodi als tweede haven of ankerplaats drijft de eerste verkeersaders van de groeiende stad spontaan in de richting van de kade.

Op drie kilometer ten noorden van de stad, tussen de vroegere moerassen, wordt een toren gebouwd die de enige toegangsweg vanuit het land blokkeert, een weg waarvan de stadsbewoners de verlenging vragen. De toren is een vooruitgeschoven bolwerk waarvan de defensieve rol bevestigd wordt in een tekst uit 1346 die de functies van de toren preciseert.

 « ... De heer, onze koning, onderhoudt een garnizoen, samengesteld uit een kasteelheer en betaalde wachters, en voorzien van proviand... want dit fort is de sleutel tot het koninkrijk in deze streek... ». Zijn plaatsing betekent voor Aigues-Mortes een efficiënte verdediging. De toren krijgt de naam van de Carbonnière-brug die over de Vistre lag (afgebroken in 1778),  welke even ten noorden van de toren stroomt en de weg kruist.

Bij de dood van Lodewijk IX zijn de funderingen voor de stadsmuur nog maar gedeeltelijk gelegd.

Zijn zoon Filips de Stoute ( en dit is niet de Filips de Stoute die in onze geschiedenisboeken meestal wordt vermeld onder die naam, want dat was een Boergondisch hertog uit de veertiende eeuw) laat de werken hervatten in 1272 om vervolgens ten oorlog te trekken tegen het koninkrijk Aragon.

De Catalaanse vloot profiteert hiervan en neemt de controle over de ganse kuststreek van de Languedoc. De werken worden onderbroken tijdens de conflicten, en worden weer hervat in 1285 in opdracht van Filips de Schone, kleinzoon van de Heilige Lodewijk.


Hij vormt een bijna perfecte rechthoek, overschouwd door torens  en  doorboord door stadspoorten. De plannen zijn getekend door Lodewijk IX en zijn architect Eudes de Mointreuil. Deze sterft in 1289 en Cominelli voltooit het werk.

De fundering rust voor het grootste deel op een houten platform dat via in de bodem gedreven, eiken stammen steunt op de vaste ondergrond. De kalksteen komt uit de steengroeven van Beaucaire en Les Baux, en wordt per schip aangevoerd.

De kantelen hebben een lengte van 1634 m.

    - De westzijde verbindt de Tour de Constance met de Tour des Bourguignons, die getuige was van bloedige gebeurtenissen. Inderdaad, Aigues-Mortes is niet gespaard gebleven tijdens de Honderdjarige Oorlog.
     - Langs de zuidelijke zijde meren de schepen aan. Vandaar de namen Porte de la Marine, de l’Arsenal, des Galions en de l’Organeau.
     - De westelijke muur zit gevat tussen de Tour de la Poudrière (Kruittoren) en de Tour de Villeneuve. Hij wordt door twee poorten doorboord. De eerste is de Porte de la Reine (Koninginnepoort), zo genoemd sedert de intrede van Anna Van Oostenrijk in gezelschap van Lodewijk XIII in 1622. De tweede is de Porte des Cordeliers, nabij het Couvent (klooster) des Cordeliers, gesticht door Lodewijk IX als dank voor het hartelijke onthaal van de bewoners.
     - De noordzijde telt twee toren (Tour de la Mèche en Tour du Sel) en twee poorten (Porte Saint Antoine en Porte de la Gardette, de hoofdpoort van de stad).


Het orthogonale grondplan van Aigues-Mortes.

Het concept van een rechthoekig grondplan zoals het in Aigues-Mortes op min of meer regelmatige wijze terug te vinden is, schrijft men gewoonlijk toe aan Hippodamos van Milete, die in de vijfde eeuw voor Christus leefde. Maar men denkt dat deze urbanist het idee importeerde uit Mesopotamië . Dit Griekse rooster is wijd verspreid geraakt in talrijke Oosterse steden die gesticht werden door de opvolgers van Alexander De Grote. Later hebben de Romeinen het aangepast op basis van een militair kamp, dat bestaat uit twee hoofdwegen, de cardo en de decumanus. Een van de beste Romeinse voorbeelden is Timgad in de oude provincie Numidië.
 
In de Middeleeuwen, na de herhaalde invallen, vindt men in de opbouw van de steden  die vanaf de tiende eeuw plaats heeft, niet de geometrische vormen van de antieke steden terug. Het typische grondplan van de middeleeuwse steden toont vooral de behoefte om zich te verdedigen en zich aan te passen aan de noden van het terrein. Het grondplan van Aigues Mortes kan daarom origeel lijken. Maar het rechthoekige grondplan is reeds lang voor de dertiende eeuw gebruikt.  Men vindt de rechthoekige ommuring terug in andere streken die de stempel van de Romeinse urbanisatie dragen, zelfs wanneer het huidige stratenplan het originele concept verbergt. Men heeft trouwens vaak de architectuur van Aigues-Mortes vergeleken met  die van Damiette of Saint Jean d’Acre maar vooral met Antiochië. Zeker is dat de herontdekking van het Oosten naar aanleiding van de Kruistochten een weerklank vond in de stedenbouwkundige opvattingen van het christelijke Europa.

Lodewijk IX was een druk bezet man. De organisatie van kruistochten en alles wat ermee verband hield, zoals de scheepsbouw, lieten hem weinig tijd en middelen over. Hij kon enkel de grondslagen leggen van de havenconstructies en de ligging en vorm van de toekomstige stad bepalen. Dit laatste deed hij door de bouw van de kerk van Notre Dame des Sablons en enkele andere gebouwen, zoals de Tour de Constance en het klooster van de Cordeliers.